Als Trainer der Nachwuchs-Auswahlmannschaft der DDR nutzt er im Jahr 1979 ein Spiel in Jugoslawien, um in den Westen zu flüchten. Dort übernimmt er im gleichen Jahr den SV Darmstadt 98 in der 2. Bundesliga - als Cheftrainer.\n\nJörg Berger ist von 1986 – 1988 auch Trainer beim SC Freiburg. Als DDR-Flüchtling ist er der Bedrohung seines Lebens ausgesetzt, die von der Stasi im Westen organisiert wird.
So überlebt er Mitte der 1980-er Jahre, während er Trainer von Hessen Kassel ist, einen Giftanschlag.\n\nGewissheit über weitere Mordanschläge erhält er nach der Wiedervereinigung bei Durchsicht seiner Stasiakten. 2002 legt Berger als Trainer von Alemannia Aachen wegen einer Operation (Darmtumor) eine längere Pause ein. 2005 unterzieht er sich erneut einer Operation (Lebermetastasen), eine weitere Chemotherapie folgt im November 2008. Am 23. Juni 2010 erliegt Jörg Berger den Folgen seines Krebsleidens.